Mikao Usui var præst og leder af det kristne Doshisha University i Kyoto, Japan i midten af 1800-tallet. Hans elever blev ved med at spørge ham, hvordan Jesus var i stand til at helbrede, når andre ikke kunne. Usui tog dette spørgsmål som en personlig udfordring og efter at have sagt sin stilling op på universitetet, begyndte han at lede efter sine svar på University of Chicago, hvor han modtog sin doktorgrad i kristen teologi. Han kunne ikke finde nogle svar om helbredelse ved håndspålæggelse. Usui studerede gamle kinesiske hellige skrifter, før han rejste til Nordindien, hvor han fortsatte sin søgen. Senere vendte han tilbage til Japan, hvor han opdagede nogle gamle symboler i de buddhistiske Sutraer, som viste sig at indeholde nogle af svarene på hans spørgsmål. Han rejste til det nærliggende hellige bjerg Kuriyama lige udenfor Kyoto, og med ansigtet vendt imod øst lagde han 21 sten ud foran sig på jorden og påbegyndte en periode med meditation og faste. Hver dag tog Usui en sten op fra jorden og bad Gud om at vise ham betydningen af Sanskrit-symbolerne i de buddhistiske Sutraer.

På fastens sidste dag bad Usui Gud om at svare på hans bøn. Pludselig så han en lysstråle komme imod ham og fare hen på ham. Den ramte ham midt på panden og slog ham bevidstløs i jorden. I det øjeblik troede han, at han var død. Så så han millioner af farvede bobler i lyserød, blå, lilla og i alle regnbuens farver, hvorefter Sanskrit-symbolet viste sig i guld foran hans øjne. Usui udbrød: "Ja, jeg husker". Dette var begyndelsen af Usui's naturlige healingsmetode, som vi kender som Reiki. Legenden fortsætter med, at han, efter at være kommet ned af bjerget, opdagede, at han havde evnen til at heale (helbrede) folk. Alle var forbløffede over, at han kunne fjerne smerte hos dem, han healede. De mennesker han helbredte, bemærkede hvor varme hans hænder blev, når han rørte ved dem. Efter at Usui havde helbredt biskoppen i Kyotos kloster for ledbetændelse blot ved at lægge sine hænder på biskoppens hofter og lænd, tilbragte han 7 år i tiggerbyen i Kyotos slumkvarterer og behandlede og helbredte tiggerne. En dag opdagede han, at det var de samme personer, der kom tilbage igen og igen, efter at de havde oplevet helbredelse. Derved fandt han ud af, at det var deres eget valg at tigge, at de fandt, at verden var meget besværlig og krævede for meget selvdisciplin. Det var på dette tidspunkt, at det gik op for Usui, at det burde koste et beløb at modtage Reiki. Han skrev følgende 5 Reiki-principper:

I dag vil jeg takke for mine mange velsignelser Bare i dag vil jeg ikke bekymre mig I dag vil jeg ikke blive vred I dag vil jeg udføre mit arbejde ærligt I dag vil jeg være venlig overfor min nabo og overfor alt levende Mikao Usui fik 18 disciple, der rejste rundt med ham i Japan, og inden Usui døde, indviede han Chujiro Hayshi til Reiki-stormester. Han blev senere læge, byggede en Reiki-klinik i Kyoto, Japan og indviede inden sin død Mrs Hawayo Takato til Reikistormester. Inden dennes død i 1980 havde hun nået at indvie 22 til Reikimestre. Der findes nu flere formelle organisationer, som alle stammer fra denne originale gruppe. Bl. a. er stifteren af "The Blue Lotus", Gina Allan, i direkte linie fra Mikao Usui.